La Creación de la Universidad en Puno es producto de la exigencia de intelectuales y políticos. La sociedad puneña considerada cuna de los intelectuales más brillantes del Perú. Los diputados Ramos, Aguirre y Quiñones fueron autores de este proyecto de Ley de creación (RAMOS A. 1987: 21 -25).
En el año de 1856, la convención Nacional dictaminó la Ley No. 406 de creación de la Universidad de Puno, promulgada el 23 de agosto de 1856 y firmada el 29 de agosto del mismo año, por el Presidente de la República Don Ramón Castilla. La Ley No. 406 contiene 04 artículos: el primero más resaltante señala que, «Se erige en la ciudad de Puno una Universidad, para la enseñanza de la Teología, Jurisprudencia, Medicina, Filosofía y Letras, Matemáticas y Ciencias Naturales y para que en estas mismas Facultades se confieran Grados Académicos». El segundo dispone: «La Universidad observará el Reglamento de Instrucción Pública del 07 de abril de 1855». Como sucede con toda institución que nace, no se contaba con Estatuto propio, local necesario y la respectiva asignación presupuestal. El artículo tercero indica que, «se regirá por el Estatuto de la Universidad San Agustín de Arequipa, y que sus funciones universitarias se celebrarán en el Colegio Nacional de Puno». Asimismo, dispone que los gastos que originen las Cátedras de esta novísima Universidad serán afectados a las rentas del Colegio.
Las razones por las cuales la universidad dejó de funcionar se relacionan con problemas socio-políticos y económicos. Otra razón que determinó su cierre oficial es el hecho de que no fue considerada en el Reglamento Nacional de Instrucción Pública de 1876.
La reapertura de la Universidad es producto de varios proyectos de Ley. Destaca el primer proyecto de Ley presentado el 02 de noviembre de 1954 por el Dr. José Antonio Encinas, en su condición de Senador por Puno, proyecto que contenía 03 artículos. El Proyecto propone que se organizara la Universidad en Facultades, Institutos y Escuelas.
El siguiente proyecto de Ley fue presentado el 15 de noviembre de 1955 por el Senador Carlos A. Barreda Ramos. Este proyecto que contenía 04 artículos proponía la creación de las Facultades de Agronomía, Veterinaria, Química Industrial y de las secciones de Pedagogía, Letras, Ciencias Económicas y Comerciales y Bellas Artes.
El 20 de noviembre de 1957, los diputados Teófilo Monroy Solórzano, Fernando Manrique Enríquez y Roger Cáceres Velásquez presentaron ante su respectiva Cámara un nuevo proyecto compuesto de 14 artículos, en los que se proponía la instalación de 02 Facultades: Facultad de Estudios Agropecuarios y la Facultad de Estudios Sociales.
Los tres proyectos de Ley presentados no tuvieron la acogida necesaria. En ese entonces, imperaba un gobierno dictatorial y no le convenía crear y reaperturar más universidades. Por cuanto, estas se constituían en un peligro para su gobierno.
l día 15 de noviembre de 1958, el Senador Enrique Torres Belón, presenta en su Cámara el histórico Proyecto de Ley de Reapertura de la Universidad de Puno. Proyecto que contenía 23 artículos y proponía como nombre UNIVERSIDAD TÉCNICA DEL ALTIPLANO, que debía iniciar su funcionamiento con la sola Facultad de INGENIERÍA AGROPECUARIA. Este proyecto, luego de una brillante exposición y sustentación. Fue aprobado por unanimidad en la Cámara de Senadores. Sin embargo, como lo tipifica RAMOS, A. (1987: 55): «la noche triste del 04 de noviembre de 1960», fecha que estaba determinada para su discusión y aprobación, no fue tratada ni menos aprobada, causa que se le imputa al diputado Roger Cáceres Velásquez y otros que habían boicoteado nuestra justa aspiración, a quienes el pueblo de Puno los declaró como traidores.
A raíz de este problema, el pueblo de Puno fue convocado a una reunión de emergencia, que se realizó el 26 de noviembre de 1960, en la que a la renuncia irrevocable del presidente del Comité Pro Reapertura de la Universidad de Puno, fue elegido como presidente el Dr. Juan Zea Gonzáles y se cambió la denominación a Frente Departamental Pro Universidad de Puno.
En la primera sesión de la Legislatura Extraordinaria, de la noche del 27 de diciembre de 1960, fue aprobado el proyecto de Ley propuesto por el Senador Enrique Torres Belón. En esta sesión 82 diputados votaron a favor y 10 en contra.
Finalmente, después de dos meses, el 10 de febrero de 1961 fue promulgada la Ley No. 13516 que reabría la Universidad con el nombre de Universidad Técnica del Altiplano, siendo Presidente Constitucional de la República el Dr. Manuel Prado y Ugarteche. Este proyecto se había aprobado tal como fuera presentado inicialmente, con sus 23 artículos, sin que se alterara ni una coma; conforme era el deseo de su autor, quien dijera «Yo soy responsable de los defectos o las virtudes de dicha Ley».
El 29 de abril de 1962 se inició la actividad académica de la Universidad Técnica del Altiplano, en las aulas aún no concluidas, debido a la demora en la entrega de la Quinta Valderrama por el Ministerio de Guerra. Se inicia con la Facultad de Ingeniería Agropecuaria y el Instituto de Estudios Socio Económicos, en ese entonces no se había considerado a la escuela de Medicina Humana, fue por gestión del Dr. Julio Bustinza, Rector de ese entonces la apertura de la Facultad de medicina mediante Resolución Rectoral N° 300-81 del 29 de abril de 1981 entrando posteriormente en funcionamiento a partir del año 1982 siendo su primer Decano el Dr. David Frisancho Pineda, inicialmente se le consideraba como Programa Académico de Medicina Humana, en el año 1984 se lleva a cabo la creación de la Carrera Profesional de Nutrición Humana y junto a ella se crea la Facultad de Ciencias de Salud, al que posteriormente se adición la Carrera Profesional de Odontología, un 25 de enero de 1994 mediante Resolución Rectoral N°107-94-R-UNA
El 11 de Julio de 1999 se publica la Ley N° 27154, Ley que institucionaliza la Acreditación de Facultades o Escuelas de Medicina en las Universidades del País; crea a su vez la comisión para la acreditación de Facultades o Escuelas de Medicina Humana (CAFME) después de un proceso de autoevaluación, presentación de documentación sustentadora y verificación se expide a la Escuela de Medicina de la UNA Puno el certificado de acreditación en fecha de 25 de Marzo del 2003, por cumplir con los estándares mínimos de acreditación.
En fecha 10 de enero de 2005, mediante Resolución de Asamblea Universitaria N° 001-2005-AU-UNA la Escuela Profesional de Medicina se constituye como Facultad de Medicina Humana independizándose de la Facultad de Ciencias de la Salud, el 02 de enero de 2007, tras breve tiempo de adecuación la comisión para la acreditación de Facultades o Escuelas de Medicina Humana (CAFME) emite el certificado de acreditación
Desde principios del año 2011 la Facultad de Medicina Humana cuenta con el programa de segunda especialización “Residentado Medico” para la formación de especialistas con sus sedes clínicas en el Hospital Regional Manuel Núñez Butrón y el Hospital Carlos Monge Medrano de la ciudad de Juliaca, en las especialidades de Medicina Interna, Cirugía, Pediatría, Ginecología y Obstetricia, Anestesiología y Medicina familiar, cuyo funcionamiento es de suma importancia, teniendo en cuenta los factores académicos, de investigación y de proyección social, se pretende constituir como uno de los ambientes de mayor trascendencia en el área de Biomédicas, lo que contribuirá un recurso importante en el diagnóstico de enfermedades que redundaría en el mejor desarrollo académico y mejor prestación de servicios de salud.
En La actualidad la Facultad de Medicina Humana dentro de la Universidad Nacional del Altiplano, consciente de su alta responsabilidad social se esfuerza permanentemente en obtener como producto un profesional capaz de desempeñarse con solvencia, ética, científica y solidaria.
La formación profesional del Médico Cirujano es una de las funciones fundamentales, y está orientada a proporcionar a la sociedad un profesional y postgraduado Medico-Cirujano, de alto nivel científico, tecnológico y humanístico, para atender las necesidades de Salud de la Región y del país. La Facultad, cuenta con una plana docente calificada, promueve la investigación y familiariza al estudiante con las tecnologías modernas y más avanzadas en el laboratorio, en la práctica clínica. Pone énfasis en una Gestión Académica-Administrativa eficiente, a través del trabajo dedicado de su Consejo de Facultad. Promueve activamente las actividades de Calidad Académica, Investigación, Proyección y Responsabilidad Social por considerarla una extensión del conocimiento y una práctica de servicio solidario en beneficio de la población con vulnerabilidad social y sanitaria. Referente a la segunda especialidad de Residentado Medico ofrece las especialidades de: Anestesiología, Cirugía General, Ginecología y Obstetricia, Medicina de Emergencias y Desastres, Medicina Familiar y Comunitaria, Medicina Interna, Traumatología y Ortopedia, Pediatría y Radiología