La mención en Ginecología y Obstetricia se enfoca en formar médicos especialistas en el cuidado integral de la salud reproductiva de las mujeres, desde el manejo del embarazo hasta el tratamiento de enfermedades ginecológicas. En Puno, donde la tasa de mortalidad materna puede ser más alta debido a la falta de acceso a servicios médicos oportunos, este programa busca mejorar la atención a mujeres en todo el ciclo reproductivo. Durante el residentado, los médicos se capacitan en atención prenatal, manejo del parto y cesáreas, así como en el tratamiento de trastornos ginecológicos, tanto benignos como malignos. También se pone un fuerte énfasis en la educación en salud sexual y reproductiva, con el fin de mejorar los indicadores de salud de las mujeres en la región.